Software Engineer für klinische‑ und Genomik‑Datenpipelines (d/w/m) Charité Comprehensive Cancer Center

Arbeiten an der Charité

Wir suchen im Rahmen des Charité Comprehensive Cancer Centers (CCCC) am Standort Berlin Unterstützung und bieten:

• Gestaltungsspielraum in einem anspruchsvollen, abwechslungsreichen, internationalen und freundlichen Arbeitsumfeld in einem zukunftsweisenden Feld der Krankenversorgung
• Die Möglichkeit, wichtige Beiträge zur datengetriebenen und patientenzentrierten Krebsmedizin zu leisten
• Arbeit in einem engagierten, interdisziplinärem Team, das Wissen aus (Bio)Informatik, Medizin und Forschung kombiniert
• Flexible Arbeitszeiten und Möglichkeiten zur teilweisen Arbeit im Homeoffice

Die Stelle im Überblick

Im Rahmen Ihrer Tätigkeit leisten sie einen wichtigen Beitrag zur Nutzbarmachung medizinischer Routinedaten für die Krebsforschung. Ihr Aufgabengebiet umfasst insbesondere:

• Entwicklung & Betrieb von ETL-Pipelines in Python (Pandas, Pydantic, FastAPI u.Ä.) zur Verarbeitung klinischer und genomischer Daten
• Betreuung von Multi-Workflow-Systemen auf HPC-Infrastruktur (SLURM) für groß-skalierte Datenübertragungen in den Bereichen Onkologie und seltene Erkrankungen
• Monitoring & Reporting der Pipeline-Ergebnisse: wöchentliche Kontrolle der Fall-Readiness, Identifikation von Datenqualitätsproblemen, fehlenden Datensätzen und Engpässen
• Technische Verantwortung für das Dokumentationssystem des Molekularen Tumor Boards: Konfiguration, Updates, Fehlersuche und Koordination mit Anbieter und klinischen Anwendern
• Entwicklung von Anonymisierungs- und Pseudonymisierungs-Workflows für Forschungsprojekte im Bereich der personalisierten Medizin

Danach suchen wir

• Erfolgreich abgeschlossenes Studium (Master oder Diplom) der Informatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung (z.B. Medizininformatik oder Bioinformatik) bzw. vergleich- und belegbare Erfahrungen notwendig
• Sehr gute Python-Kenntnisse (Erfahrung mit Pandas, Pydantic, FastAPI oder vergleichbaren Frameworks) notwendig
• Sicherer Umgang mit Linux/HPC-Umgebungen und Job-Scheduler SLURM
• Nachweisbare Erfahrung in der Erstellung gut strukturierter und dokumentierter Quellcodes; gute Kenntnisse in Git sind erforderlich
• Kenntnisse über wichtige Standards der Tumordokumentation wie Health Level 7 (HL7), der onkologischen Basisdokumentation sowie klinischer Studiendatenbanken wünschenswert
• Verhandlungssichere Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch notwendig, gute Englischkenntnisse von Vorteil
• Selbstständige, zuverlässige und effiziente Arbeitsweise

Das bringt die Charité mit

• Eine hoch professionelle Zusammenarbeit in einem motivierten und interdisziplinären Team
• Eine zukunftsorientierte, abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit mit hoher Eigenverantwortung und persönlichem Handlungsspielraum
• Umfangreiche kostenfreie Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten bis hin zum Studium
• Eine zusätzliche Absicherung im Alter durch unsere betriebliche Altersvorsorge
• Seit 2007 zertifiziert als familiengerechte Hochschule und familiengerechtes Unternehmen - Weitere Informationen finden Sie hier

Informationen zur Stelle

• Entgeltgruppe E13 TVöD VKA-K. Hier finden Sie alle Informationen zum Gehalt und Tarifvertrag
• Die Arbeitszeit beträgt in Vollzeit mit 38,5 Wochenstunden.
• Die Position ist bis zum 31.12.2029 befristet, da sie an die Projektlaufzeit gebunden ist
• Bei uns sind 30 Tage Urlaub Standard
• Die Bewerbungsfrist endet am: 12.06.2026
• Kennziffer: 7321